Цитата:
У меня есть уже сайт по садоводству. И фактически в каждой статье по теме хочу прописать ссылки на магазин, на разные разделы. Но и в магазине хочу сделать ссылки на сайт, например, берёте семена земляники, вот вам статья как их правильно посадить. И так почти по каждой культуре. Получается

достаточное колличество взаимных ссылок.
А по-вашему выходит, что могут забанить?
Вот здесь есть информация.. help.yandex.ru/webmaster/?id=995298#995342
Мы стараемся не индексировать или не ранжировать высоко:
группы сайтов одного владельца/компании, предоставляющие пользователю одни и те же товары или услуги, созданные с целью заполнения нескольких позиций в результатах поиска и сбора трафика,
сайты или группы сайтов, интенсивно ссылающиеся друг на друга («линкфармы»),
страницы и сайты, единственной целью которых является перенаправление пользователя на другой ресурс, автоматически («редирект») или добровольно,
Вот несколько цитат. Если у вас уже есть сайт по садоводству, то сделайте магазин на поддомене и все, никаких проблем.