Преста за последний год очень поменялась внешне!!! но смысл (база данных... почти), практически то же... Сделать выгрузку!!! а дальше компилировать... делать так, как хочешь...
Дело не в базе данных (она по структуре у всех магазинов примерно одинакова) а в базовом функционале (функциях управления товарами, ценами, запасами, промушеном и т.п.), и этот функционал может сильно различаться. Магента сделала упор на функционал магазинов с номенклатурой товаров под 50000 (мощный инструмент для построения сложного поиска, сложная система правил построения ценовой политики, развитая многосайтовость, развитая система управления оформлением. Но при этом такой функционал для небольшого магазина избыточен и потянуть хостинг для такой системы значительно сложнее.
Тот же OpenCart беднее Престы в функциональном смысле но имеет свои отличительные черты, например возможность связывать один товар с разными категориями. Такой механизм имеет ряд преимуществ в отдельных случаях (позволяет строить очень большое множество вариантов группировки товаров).
В конечном итоге владелец магазина решает задачу: "что с наименьшими переделками можно подогнать под его бизнес задачи", и это не всегда Преста.
А привязать Престу к любому софту не проблема, вопрос в том, нужно ли это кому-нибудь. И ответ исходя из содержания форумов пока очевиден - не очень нужно. А раз так то и время на это тратить не стоит.