Проверку ключевых слов можно сделать через вордстат (есть ограничение на количество), поэтому нужно генерировать мета-теги не динамически, а прописывать в базу единожды. Еще можно прогонять по базе Пастухова, но из-за ее размера тут только десктопный софт.

На счет парсить ключевики с локальной машины или с сервера тут вопрос не в поисковиках, а в хостере. Им не очень нравится это. А от поисковиков максимум каппчу получить можете или бан ип на несколько дней.

На счет второго шаблона для поисковиков я вполне серьезно. Сраница ведь не совсем другая будет. Где-то видел статью на эту тему. Используя шаблон с минимальным количеством лишних элементов (но с тем же самым основным контентом) удалось повысить позиции в выдаче. Но на долго ли? Ссылку на статью не помню, так что проверять придется на собственном опыте.

Вообще-то, и сама преста делает такую подстановку (в случае отсутствия мета, заменяет на title, и пр. Смотрите в том же Tools.php в оригинала от престы). А моя доработка, по крайней мере, на первом этапе довольно поможет. Если хотите, пропишите условие, если остутствуют мета-описания, то включть автогенерацию.
Впоследствие, когда будете проводить оптимизацию, то уже пропишете все, что нужно руками. Ничего в этом плохого не вижу.
Ну а о втором шаблоне, это я так упомянул, вскользь. Это у меня на Джумле. Просто версия сайта для мобильного выдается и роботам. Правда и сохраняют они ее в таком же виде. Да в принципе из гугла на главную можно только и зайти по сохраненных копиях (в других поисковиках все нормально), При входе напарямую по ссылке из поисковика (только для главной) не выдаются закрывающие теги </html>, и в броузере страницу не видно, хотя в режиме html можно просмотреть, что она есть. Эта фигня появилась еще задолго до применнения плагина, так что дело не в этом. Впрочем, я отклонился от темы.

База Пастухова меня заинтересовала. Размер, в принципе, не важен. Прсото для каждого сайта-магазина можно подобрать список наиболее соответствующих тематике, слов и поисковых фраз. А дальше вложить файл с подобранной библиотекой. Например, если я продаю семена, то мне не нужны слов, относящиеся к автомобилям, компам, софту, холодильникам и пылесосам. Я здраво рассуждаю?
В конце концов, можно выбрать фразы, по которым мой сайт находят, например из внутренней статистики.

Учел тут некоторые высказанные предложения, и несколько переделал код. Теперь, автогенерация работает только в случае отсутствия мета-описаний ли ключевых слов. Количество слов уменьшено до 35, длина описания до 200 знаков. Реально будет больше, так как код построен таким образом, чтобы не оборвать фразу на полуслове.
Архив с доработанным файлом+файл ключевых слов прилагаю. Распаковать в директории classes. (На всякий случай сделайте резервную копию престовского файла Tools.php)

Сегодня проверял как работает мой переводчик Гугла на сайте. Достопримечательно, что при переходе на другие сайты, по ссылкам с моего, когда страница уже переведена, автоматом переводятся и другие мои сайты.
И вот тут, возник один казус. В принципе, ors оказался в чем то прав. переводчик выдавал страницы сайта esculap.in так, как это предназначено для мобилы.
Проблемы, по сути и не было - просто исключил из плагина google, теперь все путем!
Просто получилось, что плагин отслеживал в usersgent имя google, и включал к выдаче то, что нужно для ботов. Мне и не нужно было изначально указывать имя google, так как bot - уже включает плагин, а Гугл-робот называется googlebot.
Впрочем, это уже вообще к теме не касается.
Предлагаю темузакрыть!

после того, как ваш tools.php загрузился в classes, в какой момент он начнет автогенерить?

При обращении к странице

Лаконичный ответ, без пыли и воды - удел мудреца! Прямая противоположность - журналист: чем больше сумятицы и неразберихи - тем читабельнее статья. Слово шамана - сплошное разночтение.
Мое слово - нечто среднее. И хорошо, что на форуме есть такие люди, которые могут отделить зерна от плевел!