Здравствуйте.

Пошла вторая неделя после заливки на хостинг интернет-магазина на Prestasop.
Зарегистрировал сайты на Google Analytics, Yandex matrika и Yandex webmaster.
Google проиндексировал магазин на следующий день, а Yandex молчит до сих пор.
Не подскажете в чем может быть проблема?

Проблемы нет, просто жди, для индексирования нужно 1-2 обновления базы яндекса

1. Ваш xml-файл содержит ошибки.
Откройте файл robots.txt и удалите:

ПС без ваших подсказок разберутся что индексировать!

2. Включите ЧПУ.
3. Для каждого товара добавьте информации.
4. Закажите или самостоятельно пишите статьи по теме интернет-магазина.

Если информации для товаров нет и не будет - перепишите движок (шаблон) сделайте одну страницу (главную) со списком товаров (прайс-лист) с возможностью положить набор товаров в корзину и оформить заказ.