Подскажите где изменить ID категории для модуля рекомендованные товары на главной (в настройках модуля только кол-во отображаемых товаров)

Панель управления > Товары > Выбрать товар который необходимо вывести на главной > в разделе "Связи" (Associations) поставить галочку напротив "Главная" > Сохранить.

у меня там нет главной
скрин...

Если товары не отображаются в разделе популярные товары (homefeatured) - скорее всего категория "Каталог" не является корневой.

Панель управления > Конфигурация > Мульти-магазин :: Выбрать магазин из списка и изменить корневую категорию или проверить в БД: таблица _shop.