Выходит то что я делал назвать "копированием шаблона" нельзя.
Подобного функционала (клонирование шаблона) нет, возможно его добавят с новыми версиями.
А если я изменю новый шаблон - в первом случае стандартными средствами, а во втором изменяя код.
Стандартными средствами изменить шаблон невозможно (изменить вызов, переставить модули и тп. да, но не изменить сам шаблон).
Для правки шаблона необходимо работать с самими файлами шаблона (tpl) + файлами стилей (css).
И сделаю обновление движка. Новый шаблон будет корректно работать? В обоих случаях?
Да.