Если чесно я не могу понять как обновить до версии PrestaShop v0.4?
напишите подробнее

залить сверху, с заменой всех файлов, перейти в папку host.ru/install/ и выполнить обновление.

Наверно глупый вопрос, но это ни как не может нарушить целостность магазина?

Смотря что понимать под целостностью.

Модули, товары или счетчики. В этом роде. Думаю, обновлю, а потом как бы все заново не пришлось делать...

Кроме категории, товаров, базы админов и зарег. пользователей (ну еще несколько полей, я все не перечислил) почти во всем будут проблемы. Модули от 1.3 на 1.4 НЕ работают, тема тоже, а на счет счетчиков смотря как Вы ее выводили.

Если так подумать и смысла нет обновлять...

а вышеописанные проблемы трудно решаются рядовым пользователем?) не смог найти пошаговую инструкцию нигде...

Любое действие должно быть осмысленным :-). Новая версия имеет свои преимущества, но если эти новинки вам не принесут прибыли, то обновляться точно не зачем.