В версии 1.3 картинки генерируются и перегенерируются по следующему методу:
если ширина>высоты картинки, тогда рисунок подгоняется под ширину, а по высоте выравнивается по центру и сверху и снизу добавляются белые полосы.
если высота>ширины, то размер картинки подгоняется по высоте, а по бокам добавляются белые полосы.
В версии 1.5 как при создании новной картинки, так и при перегенерации есть 3 режима создания миниатюр:
1) по ширине (тогда страдают картинки, у которых высота>ширины)
2) по высоте (тогда страдают картинки, у которых ширина>высоты)
3) автоматически (здесь картинка вообще просто обрезается под размер)

В каком файле php задаётся метод генерации картинок? как исправить метод "автоматически", чтобы он не обрезал картинки по размеру, а работал по описанной выше схеме для версии 1.3?

Вопрос в силе

Функции преобразования так и сидят в images.inc.php. Ни чего не изменилось.