Я разрабатываю сайт на локальном веб сервере и потом заливаю уже на хостинг, иногда я на страницах ставлю ссылки для обращения к каким либо страницам сайта.

но линки для локального и удаленного сайтов разные и приходится каждый раз исправлять эти линки..

Как правильно указывать эти самые линки чтоб они были относительными и правильно обрабатывались независимо от того на локальном сервере или удаленном!?

надеюсь вопрос понятен

если внутренние ссылки то:
1) Если у вас ссылка на престе начинается с index.html можете в начале ссылки ставить слеш типа:
2) Есть вариант использовать ту же конструкцию что и выше но перед слешом ставить 2 точки типа "../"

Теперь вопрос, у вас преста разве сама не генерирует ссылки? вы их вписываете вручную?

Может вам также будет полезно заглянуть в раздел SEO & URL в Админке Престы, там есть домен магазина - возможно после переезда вам необходимо его сменить на действительный и много проблем решиться сразу...