Только начал разбиратся с Престой поэтому вопросы могут вам показаться наивными..

Требуется сделать несколько наценок для товаров в зависимости от типа оплаты (Полная предоплата, частичная, без предоплаты). Причем наценки нужно сделать в процентах от базовой цены (20,30,40%).
Вроде бы комбинации товаров позволяют сделать подобное, но..
там нельзя влиять на цены в процентах, только в рублях

Через налоги я что то не разобрался как сделать, да и с помощью налогов покупатель увидит конечную цену только в корзине, а мне бы сразу видеть цену на странице товара со списком вариантов оплаты

И еще, можно ли сделать админку Престы на английском, а фронтенд на русском языках, а то что то я в этих переводах аминки ничего не понимаю ))

Комбинации как-бы не совсем для этого. Вам ещё может помочь модуль оплаты, но опять-же - окончательную цену можно будет увидеть только при заказе.

Язык админки каждый employer может установить себе отдельно и на frontend это никак не влияет: Administration > Employees > Edit - Language

Без доработок не получится и возиться там нужно не мало. Выход скорее всего такой: расчет цен делать в шаблонах (либо придется переделывать Product.php), а для вариантов оплаты делать модули оплаты с пересчетом цены при выборе того или иного варианта.