Когда обновляю товар на сайте тот товар которого нет не уходит. Как настроить программу таким образом чтобы при выгрузке товаров на сайт, те товары которых нет вместо галочки автоматически ставился крестик (чтоб на сайте не отображался)? Выгрузку делается вручную с 1С.

А каким образом в ручную делаете выгрузку из 1С?

Выгружаю в формате csv и кодирую UTF-8, затем выгружаю на сайт.

поищите человека на форуме по 1с)

1с не обязательно знать... напиши простой скриптик который будет переключать в неактивный режим все товары с датой-временем изменения меньше чем дата-время начала импорта...