есть сайт на древней 1.2.5.0
нужно обновить до 1.4.9.0
как это лучше сделать?

с престой работаю в первых раз
подскажите какая разница между 1.2 и 1.4
это две разные ветки (как типа Joomla 1.0 и Joomla 1.5) которые трудно обновить
или это логическое продолжение и можно обновиться?

Обновиться можно. База данных реструктурируется легко штатным скриптом обновления, а вот шаблон придется верстать новый. Если модули есть нештатные, то могут не заработать придется переделывать самостоятельно. Вообще кончено 1.2 и 1.4 можно рассматривать как разные ветки в соответствии с приведенным вами примером.