И так если кому-то еще актуально, чтобы убрать первое письмо делаем следующее.
В файле classes/OrderHistory.php находим следующее
Код:
iif (Validate::isLoadedObject($order))
                Mail::Send(intval($order->id_lang), $result['template'], $topic, $data, $result['email'], $result['firstname'].' '.$result['lastname']);

приблизительно 155 строка
и меняем на
Код:
if (Validate::isLoadedObject($order) & $result['template'] != 'preparation')
                Mail::Send(intval($order->id_lang), $result['template'], $topic, $data, $result['email'], $result['firstname'].' '.$result['lastname']);