Почти в каждой форме письма (то что на почту приходит при оформлении заказа) есть ссылка "мои заказы" при попытке по ней перейти кидает на 404. Изучение самой ссылки ничего мне не дало. Сама ссылка "/%2Findex.htmlhistory.php".

Попробуй исправить в шаблонах писем на абсолютные ссылки вида: http://www.магазин.ru/order-history

Аналогично с ссылкой {shop_url}my-account