Здравствуйте! Проблема вот в чем: при открытии главной страницы сайта в HTTP-заголовоке передается поле Transfer-Encoding: chunked, и нужно сделать так, чтобы его небыло (Яндекс.Директ ругается) + нет поля Content-Length. При обращении к простому html-файлу, залитому на сервер все нормально (то есть дело не в хостинге). Весь код обыскал, так и не понял где именно формируется HTTP-заголовок, есть только заголовки для передачи файлов при скачивании, но это не то. Может кто нибудь знает где смотреть?

Это делается автоматом и скорее всего web-сервером, поскольку PHP скрипт возвращает поток неопределенного размера, а HTML файл сразу имеет фиксированный размер. Читайте доку по HTTP 1.1