Как обновиться на новую версию? В админке есть информация ,что есть новая версия. Кликнув на ссылку, скачивается эта версия. А как обновить из этого скачанного архива?

Если prestashop 1.4.8 и выше используйте стандартный модуль "1-click Upgrade", если модуль недоступен обновитесь через Панель управления > Инструменты > Обновление.