Подскажите как лучше удалить cms с сервера. Нужно как-то правильно или достаточно зайти на сервер и удалить всё что там лежит?

Если Вы хотите удалить без сохранения данных, то достаточно выполнить 2 действия:
1) удалить физически файлы. зайти через фтп доступ и удалить все, что там есть.
2) очистить базу данных (или удалить ее, если Вы не собираетесь ее использовать далее). зайти в базу данных через phpMyadmin, выделить все таблицы и удалить их.

Все зависит еще от того, какая панель управления хостингом предоставлена Вам Вашим хостером.