Как сделать, чтобы файл PDF не отправлялся покупателю вместе с уведомлением о сделанном заказе?

в свойствах статуса заказа снимите галочку - Разрешать покупателю просматривать счет в виде PDF документа.
или снимите галочку - Отправлять клиенту письмо при изменении статуса его заказа

Возможно надо и то и другое сделать. тогда ничего не будет отправляться и покупатель сам не увидит свой счет.