Есть ли возможность организовать учет изменений количества товаров на складе? Чтобы можно было отследить добавленное количество товара или убранное вручную (не автоматический при заказе)?

Есть. В админке Back Office >> Catalog >> Stock Movements можете отследить ВСЕ изменения товаров.

Спасибо! То, что надо.