При попытке импорта товаров и категорий сервер выдает 500 ошибку. При этом Производители импортируются без ошибки, но если потом во вкладке Товары зайти на Производители, то выдает 404 ошибку.

В логах пишет "Premature end of script headers: index.html, referer:"

В чем может быть проблема?

Попробуйте заливать данные малыми порциями.

От размера порций не зависит. Производителей добавлять может десятками, а товар даже один не добавляется.

Если ошибка именно 500 (не 503 или 502), то это как правило ошибка самого PHP скрипта и именно фатальная ошибка. Включите отображение ошибок (здесь есть посты как это сделать) Возможно это косяки в самом конвертере, причем именно в том, который делает заливку именно товаров.