Собственно вопрос в теме. Когда категории сделал через импорт, все стояло в том порядке, что и в файле. Потом непосредственно в меню стал добавлять и весь порядок накрылся, все работает в алфавитном порядке. Все почитал, но так и не нашел.
Подскажите или ткните, что делать?

В админке на вкладке категории, там где Вы создаете категорию, есть графа "Позиция", после ID, названия и описания, можете двигать категорию как Вам нужно.

Не поверите, так и делаю и в админке они правильно стоят, а на сайте по алфавиту.

Отключите кеширование и выставите принудительную комплияцию.

сделал. все так же.