Не знаю обратил ли кто внимание (в поиске не нашёл), но при включенно ЧПУ для одного и того же товара может быть более одной уникальной ссылки, т.к. при заходе в карточку товара из какой-либо категории подставляются ЧПУ категории перед ЧПУ товара, но также остаётся ещё и прямая ссылка на товар.

Вот пример:
http://puffy-shop.ru/kombinezony-dlya-sobak/1419......emium-snow.html
http://puffy-shop.ru/1419--premium-snow.html

Всё это негативно сказывается на продвижение в поисковиках. Подскажите как быть?

Включить модуль канонических ссылок или исправить код в шаблоне и оставить 1 вариант отображения ссылки по-умолчанию.

модуль включен... Буду тогда шаблон править. Спасибо!