При добавлении к адресу сайта строки с указанием пути к папке, например www.sitename.ru/modules/ - вижу всю структуру этой папки.
Так и с другими папками на сайте.

.htaccess - генерируется магазином.

В чем может быть проблема?

с доступом, только по моему это не проблема