Стоит задача прикрутить уже имеющийся в наличии модуль геолокации к PrestaShop.
Сам по себе модуль умеет определять страну пользователя и в соответствии с этим выдавать язык и валюту которая соответствует местоположению пользователя.

Было принято решение переопределить метод init() для FrontController. Проблема возникает именно при первом визите, т.к. cookies внутри модуля устанавливаются, но в браузер еще не отсылаются. После того как куки установлены я вызываю метод parent::init() для дальнейшей инициализации системы и этот метод затирает все те изменения в куках, которые я внес внутри модуля геолокации.

Курение исходников показало что все дело в том, что объект кукисов создается во FrontControllerCore::init() каждый раз без проверки существования глобальной переменной.

Править системный FrontControllerCore::init() - нельзя. Копировать целиком FrontControllerCore::init() во FrontController::init() и вносить необходимые правки, чтобы не вызывать родительский метод - тоже не выход, т.к. не известно что придет в следующем обновлении.

Возможно кто-то уже сталкивался с подобной задачей? Подскажите пожалуйста способ красиво обойти это ограничение?

Использовать override.

В папку /override/classes/ положить FrontController.php

Прошу прощения, я видимо не однозначно описал. Я уже использую overridde

А что мешает вызывать модуль после parent::init()?

Да и что тогда беспокоиться об обновлениях версии если override и так используется? Если одного override мало сделайте еще столько, сколько вам нужно, переделав autoload.