Подскажите, можно ли как-то поправить шаблон, чтобы в корзине и на этапах офрмления заказа шапка и футер не отображались? Или отображались, но другие? (без ссылок и тп.)

попробуй через параметр

магазин.ру/order.php?content_only=1

магазин.ру/authentication.php?back=order.php?step=1&content_only=1

и дальше аналогично