При инсталляции показала две настройки с красненьким, т.е. не с зеленой галочкой, что все ОК, а именно:
PHP register global рекомендуется отключить
и
опцию PHP "magic quotes" также отключить

но в обоих случаях это стоит как Рекомендуется, возможны ли какие проблемы если я не последовал данным рекомендациям?

PHP "magic quotes" что это такое никто не знает?

Это способ работы с кавычками в частности в тех случаях когда они поступают в HTTP запроса. PHP нужно знать работать с ними как с экранированными дополнительными силами или нет. Более точно можно узнать почитав документацию по PHP или просто тупо спросить Google.

e_v_medvedev

А из за этого PHP "magic quotes" может работать не корректно сайт?

Сайт не открывается, а через аномайзер работает, вот и не пойму в чем дело..