Подскажите как это делается.
То есть для каждого города сво цена.

Используйте для этого вкладку "Регионы" ,Панель Управления >> Доставка >> Регионы/. Надо прописать там ВСЕ города в которых Вы собираетесь доставлять и поставить галку к стране, что у него есть регионы. После выбора перевозчика в эту зону появится список прописанных Вами городов и можете прописать Вашу цену за доставку.

Спасибо, так и сделал.