Народ ставлю в настройках товара макс для сравнения 3.
Кнопка сравнения в категориях есть а чекбоксов для отметки товара нет?
Где это можно исправить?

Чекбоксы сравнения товаров должны быть в файле шаблона /themes/prestashop/product-list.tpl
Ищи по коду:
<p class="compare">
<input id="comparator_item_50" class="comparator" type="checkbox" value="comparator_item_50"/>
<label for="comparator_item_50">Добавить к сравнению</label>
</p>