Допустим три комбинации товара:
1. 10 штук.
2. 0 штук.
3. 20 штук.

----------
Если во второй комбинации заканчивается товар, то несмотря на то, что в общем количество товара еще 30 штук, по главной общей позиции на сайте показывает, что товара нет на складе. Отбивает покупателя.

Где ковыряться, подскажите пожалуйста.

В главном товаре ставлю количество 1000 штук и товар есть в наличии во всех комбинациях, где он есть. Разобрался.