Можно обойтись без яваскрипта.
Достаточно в файле payment.tpl модуля cashondelivery изменить адрес ссылки:

<a href="{$this_path_ssl}validation.php" title="{l s='Pay with cash on delivery (COD)' mod='cashondelivery'}">

на

<a href="{$this_path_ssl}validation.php?confirm=1" title="{l s='Pay with cash on delivery (COD)' mod='cashondelivery'}">

Теперь подтверждение автоматом.