После подтверждения клиентом заказа письмо order_conf отправляется в любом случае, в админке это отключить нельзя. Чтобы оно не отправлялось, закомментируйте или удалите две строки в файле classes/PaymentModule.php
Код:
if (Validate::isEmail($customer->email))
Mail::Send((int)($order->id_lang), 'order_conf', Mail::l('Order confirmation'), $data, $customer->email, $customer->firstname.' '.$customer->lastname, NULL, NULL, $fileAttachment);
Но, в таком случае, письмо order_conf не будет отправляться вообще, при любом методе оплаты. Вам нужно будет самостоятельно сформировать письмо и указать, при каком статусе его отправлять.
Два письма одновременно