Вобщем так:
1. создала поддомен, создала новую базу данных
2. скопировала свой магазин (он на 1.3.1) и закинула в поддомен
3. обновила до 1.4.1
Проблема собственно вот в чем: с поддомена при нажатии на любую ссылку перекидывает на основной домен.
Не знаю я как настроить!
В config/settings.inc.php исправила название базы данных, а больше не знаю, где исправлять.
Пожалуйста, подскажите! Я с 1.4.1 не разбирусь еще.

Поправка: перекидывает на основной домен только в категориях, остальные ссылки переходят правильно.