с наименьшим геморроем.
Клиенту потребовалось главную страницу,не относящуюся к магазину
так то копировать базу.устанавливать заново
может просто где то прописывается корень сайта/директория?

а какая связь между физическим переносом сайта и созданием субдомена? Ничто не мешает создать субдомен и привязать его к текущему пестоположению сайта, а основной домен привязать к новой заглавной странице.