Подскажите пожалуйста, как убрать заливку логотипа сайта белым цветом, а также где настраиваются размеры блока с картинкой раздела (потому что некрасиво выглядит картинка категории)?

В фотошопе сделайте фон прозрачным (Онлайн фотошоп на пример здесь ) и сохраните изображение в .png формате, после этого в файле \themes\Ваша_тема\header.tpl найдите строку img src="{$img_ps_dir}logo.jpg и поменяйте ее на .png
Для категории используются фотографии -home.jpg а их размер задается в настройках
Панель Управления >> Общее >> Картинки>>Home Вы можете отредактировать ее или создать свое,но если создадите НЕ забудьте прописать ее в \themes\Ваша_тема\category.tpl в строчке <img src="{$img_cat_dir}default-home.jpg" alt="" /> (поменяйте home.jpg на созданную Вами)