Просмотрев и ознакомившись с некоторыми платежными системами например robokassa,sprypay и другие, обозначил для себя один момент, что практически все эти системы берут за оказанные услуги агентское вознаграждение. Покупатель оплачивает цену,которая указана в интернет магазине. В результате интернет магазин теряет сумму связанную с выплатой процентов агентского вознаграждения. Эту сумму (расходы на вознаграждение) я не могу включить в общую стоимость цены за товар,так как существует еще возможность оплачивать товар в моем магазине с помощью банковской квитанции. Как поступать в таком случае?

По всей видимости вам нужен модуль Банковский перевод v0.5, он должен идти стандартно в Prestashop посмотрите.