На товар есть скидка в 5%
Делаю ваучер на скидку в 20 %

Как получить, что бы Скидка ваучера считалась от 100% стоимости товара
и при пересчёте выбиралась большая скидка

Отредактируйте ваучер, там есть условие - совместимость с другими скидками. Ставьте - нет

Тогда магазин просто не даст добавить эту скидку.

А меня интересует как сделать ваучер, чтобы при регистрации покупателю давалось 100 рублей на покупки ?? Подскажите как это можно реализовать?