http://svn.prestashop.com/tags/1.3.2.3/CHANGELOG
В ветке 1.3 теперь только багфиксы. Оптимизация и добавление новых возможностей проводится в ветке 1.4.
http://svn.prestashop.com/trunk/CHANGELOG
Например добавили сравнение продуктов, оформление заказов на одной странице, снизили количество запросов к бд от 30 до 50%.
Судя по коду, темы для 1.4 будут отличаться, но можно будет использовать и старые (при этом не все новые возможности будут работать). Старые модули доставки не будут работать, в платежные модули тоже возможно придется внести изменения.
Теперь любое изменение движка можно делать из модулей (переопределяя методы), не редактируя сами файлы.