Нужно, чтобы автоматически не отображались категории, (их много), в которых только товар с нулевым количеством или скрытый товар.
Где-то в настройках кажется это видел. Но сейчас найти не могу.

Нет такого в настройках, перепишите модуль категорий, добавив доп. запрос на кол-во товаров и тп. (modules/blockcategories/blockcategories.php)

Спасибо. буду чтонибудь придумывать

Динамически скрывать не получилось. Написал модуль(или таблицу, не знаю как правильно назвать) для админки.
Теперь буду при необходимости запускать скрипт. кроме того, на вкладке добавил вывод всех товаров на одну страницу, чтобы не ползать по категориям.
Версия Престы 1.3.1.1
Для установки положить файл в \admin\tabs, потом во вкладке Tools->Tabs->Добавить новый
Класс: AdminAs16HideDirectory
Родитель: Catalog