как сделать так, чтобы в настройках модулей оплаты указать с каким видом доставки его можно использовать?

например:
"оплата наличными" можно использовать при "доставка курьером" и "автолюкс"
"оплата наложенным платежом" при "доставка почтой"
"счет" можно использовать при "доставка курьером", "автолюкс" и "доставка почтой"

есть ли такой функционал в природе?

по умолчанию нет, для версии 1.2.5 есть модуль, на 1.3 может не работать.

поделишься модулем? - попробую прикрутить к 1.3.1

http://prestadev.ru/forum/tema-434.html

Расскажешь потом, насколько успешно получилось.

Так там же в архиве есть отдельно патч. Его только к файлам от версии 1.3.1 применить нужно.