После включения дружественного URL пропадают фото товаров на главной странице магазина.Пробовал версию 04 и 05, а в версии 03 всё нормально работает.

Сгенерируйте .htaccess, если не работает, то проблема скорее всего в хостинге, (nginx и тп.)
Переписывайте хтакцесс под свою платформу.

Файла ".htaccess" почему то вообще не было в скрипте,бросил в папку ".htaccess" и всё заработало.