Как удалить все циклические ссылки на сайте?

Опишите ошибку более подробнее.

Если происходит бесконечный редирект можно в файле /config/defines.inc.php изменить:

на:

и далее искать ошибки в коде.

Для SEO нужно убрать все циклические ссылки, что б сайт индексировалса быстрей.
Что б не било на странице ссылок которые ведут на эту же страницу

Это проблемы шаблона, исправлять их необходимо в используемом вами шаблоне (/themes/ваша-тема/).

А если нет файлов в мадулях темы, как их изменить?

Перенесите необходимые файлы из директории модуля /modules/название модуля/ по следующему пути /themes/ваша-тема/modules/название модуля/.