Пытаюсь загрузить номенклатуру из csv файла с числом строк около 65000.
Однако через несколь десятков секунд работа скрипта прерывается без объяснения причин. При этом импортируется порядка 15000 строк.
То же происходит и при идексации поиска.
Такое ощущение, что скрипт отваливается по таймауту.
Прописал время выполнения в скрипте, не помогло.

Поддержка хостинга дала рекомендацию:
"Запускайте скрипты в cgi режиме, рядом положите php.ini с прописанным временем выполнения."
Но я не знаю как, это сделать.

Кто сталкивался, подскажите, пожалуйста, ршение.

Можно сам файл импорта разбить на несколько файлов.

На счет запуска в режиме cgi лучше спросить у поддержки. Обычно это можно сделать так:
Переименовать расширение в cgi и в первой строке каждого скрипта писать #!/usr/bin/php

В php.ini написать max_execution_time = 3600 так скрипт хоть час проработает. Только хостер может и выгнать за превышение нагрузки.