Подскажите способ или модуль который бы позволял ограничивать скидку по ваучерам. Допустим набежало у клиента по программе лояльности 1500 руб Надо что бы он смог оплатить этим купоном не всю корзину а только скажем 30% от корзины.

Необходимо переписывать модуль loyalty или использовать иной.
В модуле "loyalty" можно пересчитывать все заработанные очки в проценты (по опред. формуле) и выдавать купоны в максимуме по 30% на один заказ (если набежало больше разбивать полученные очки на несколько купонов).
Для подобного функционала модуль loyalty необходимо основательно переписать.