Если у этой cms шаблонизатор? вон например в header я нашел код {$HOOK_TOP} выводит верхнюю часть(контента) я так понял, а где поправить что иммено выводить?

Шаблонизатор называется smarty.
{$HOOK_TOP} это хук для модулей, которые должны выводится в шапке, поэтому правьте именно тот модуль который нужно. Большинство изменений можно произвести не трогая код шаблона, изменяя global.css