При переходе на корневую и главную категорию выводит
Обнаружено ошибок: 1 Category not found ,
Так же интересует как исправить ссылку на главную категорию ведущую на главную страницу.

В 1.6 вроде нет ссылки на корневую и главную категорию...
Или я чего то пропустил?

Есть.Где все категории лежат. По ЧПУ ссылка site.ru/1-root

И где эта ссылка расположена?
В блоке категорий, на странице "Карта сайта" или где?

Ссылка на корень корневых категорий ни где не отображается.Но существует.
Но не отображает входящие в нее корневые категории.
Ссылка на корневую категорию (главную, родительскую) существует.Но не отображает входящие в нее категории.

То есть в самом магазине ссылки нет, а её наличие это ваше предполагажение, основываясь на данных из БД.
О чем вам и говорит движек
Category not found
Это не ошибка.
А извещение "Нет такой категории"
А то что в БД, так это для внутреннего, так сказать употребления.

А как тогда сделать, что бы было отображение категорий в ней?