Здравствуйте друзья!
Не судите строго - я новичок.
Только экспериментирую в своей песочнице.
Пытаюсь создать дополнительные магазины, получается наполовину.
1. Развернул Престу (правда не на домене, а на поддомене subd.domen.ru)
2. Создал 2 склада, 2 товара, 2 категории
3. Создаю второй магазин
- если в разделе "URL сайта" в поле "Физический URL" ставлю shop1/, то второй магазин доступен по адресу subd.domen.ru/shop1
- если в разделе "URL сайта" в поле "Домен" ставлю shop1.subd.domen.ru, то при попытке зайти на сайт - ошибка 403.

Выручайте.
Какие настройки показать здесь?

Так ошибки в движке нет. Просто ваш второй вариант, вот этот shop1.subd.domen.ru, неправильный. Преста не может создавать поддомены. Она может только от одного доменного имени витрины разные делать. Второй вариант реализуется намного сложнее.