Запутался.
Задача: Вывести категории a,b,c.. в субдомены a.shop.com, b.shop.com и т.д.
Создал алиасы доменов, Включил Мультимагазин, создал доп. магазин A, привязал к субдомену a.shop.com

Все открывается, но как разделить товар?

- Дерево Каталога и фильтр по общим свойствам нужен в любом из магазинов;
- При переходе по B.shop.com нужны товары только из категории B (По умолчанию отображать не первую страницу магазина, а витрину Категории B с фильтром по ней.