По какому пути находятся товары в Prestasрop 1.6
Можно ли сделать бэкап только определенных категорий(подкатегорий)
и потом их же восстановить
Для примера у меня сайт привязан к 1С УТ модулем,я создал новый товар на сайте,он появился в 1С но без цены,если сделать выгрузку из 1С на сайт,то остатки и цены всех товаров выгрузятся нормально,а новый товар будет с ценами "0.00 руб"
Можно ли будет какие-то определенный папки на хостинге скопировать,сделать выгрузку и закинуть эти папки назад что-бы новый товар остался с нужными ценами?
Это временные танцы с бубном пока не исправят в самом модуле.

И если встроить в админку Sypex Dumper 2 с помощью него можно будет осуществить вышесказанное?

Напишите разработчику модуля 1С, быстее не будет.
Цены лежат в таблицах product и product_shop. Работайте с ними.