Еще более простое решение:
Открываем прайс с количеством в excel и пишем формулу
Код:
="UPDATE IGNORE `ps_product_attribute` SET `quantity`="&B1&" WHERE `reference`='"&A1&"'; UPDATE IGNORE `ps_product` SET `quantity`="&B1&" WHERE `reference`='"&A1&"';"
Где в столбце A находится артикул, а в B - количество (измените столбец и строку по своему прайсу). Затем растягиваем формулу по длине прайса и выполняем получившиеся запросы в phpMyAdmin.
Немного дополнив формулу можно и цены таким образом обновлять. Обновлял так около 10т товаров, так как при обычном импорте превышалось максимальное время выполнения, а в админке хостинга оно было не ограничено.