Доброго времени суток. Настроил модуль Яндекс.Maркет v1.8.7 - by Roman Prokofyev. В итоге выдает ссылку вида "../modules/yamarket/" . Эту ссылку использую для другого сайта, но теперь понадобилось на яндекс тоже выгрузить, но уже другие категории товаров. вижу для себя что нужно либо новый модуль ставить и генерировать ссылку для нужных категорий, либо дубль этого модуля(думаю возникнут проблемы).
Прошу совета в каком направлении пойти. Заранее благодарен.

Модуль можно доработать, если модуль платный: обратитесь к разработчику.
Модуль можно клонировать, примеры как это сделать уже были описаны на форуме (воспользуйтесь поиском).